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Ils n'acceptent plus l'Église comme elle était autrefois; ils ont voulu tout changer: la Bible, le catéchisme, la messe…Ils ont tout changé; ils ont accusé l'Église. Elle n'a pas su exercer son apostolat comme elle aurait dû faire. Tous nous portons le poids des fautes historiques et nous avons tous commis des erreurs…Ayant la connaissance de notre propre faute devant le Seigneur, et demandons pardon… (Jean-Paul II aux Orthodoxes, 1991).

"Jamais au cours des siècles, l'Épouse mystique du Christ n'a été souillée, et Elle ne pourra jamais l'être", au témoignage de S. Cyprien. Plusieurs ont déserté la maison paternelle, laquelle ne s'est point effondrée et n'a pas péri, soutenue qu'elle était par l'assistance perpétuelle de Dieu (Pie XI).

Pour Jean-Paul II, les trois religion, juive, musulmane et chrétienne sont trois formes de "la religion d'Abraham" à laquelle il nous faut retourner. L'Église n'est plus considérée comme le Corps Mystique du Christ, mais comme le peuple de Dieu, c'est-à-dire l'humanité.

L'œcuménisme et la liberté religieuse permettent de penser que tous les hommes sont sauvés, quelle que soit leur religion, ou leur absence de religion, et quoiqu'ils fassent. "Par son Incarnation, le Fils de Dieu s'est en quelque sorte uni lui-même a tout homme" (Gaudium et Spes) que celui-ci soit ou non baptisé et ait ou non obéi aux commandements de Dieu…

"L'Église a le devoir de regretter profondément" (le "earum culpa" de Jean-Paul II) le "consentement" à des méthodes d'intolérance et de violence"; il faut en faire "amende honorable". Ceci est considéré par les médias comme une reconnaissance par l'Église de ses torts, voire de ses crimes contre les francs-maçons, les Juifs, les protestants, les musulmans, etc. (Présent, 1994)

Parlant à Prague, et préparant le Jubilé de l'an 2000, Jean-Paul II s'exprime ainsi: "Moi, pape de l'Église de Rome, au nom de tous les catholiques, je demande pardon des torts infligés aux non catholiques dans le cours de l'Histoire tourmentée de ces populations, et j'assure en même temps le pardon de l'Église catholique pour le mal enduré par ses fils."